Lög um fiskeldi móta lagaramma um atvinnugreinina. Matvælaráðherra fer með yfirstjórn málaflokksins samkvæmt ofangreindum lögum en framkvæmd stjórnsýslunnar er að öðru leyti í höndum Matvælastofnunar sem hefur eftirlit með því að ákvæðum laganna sé framfylgt. Fiskeldi fellur einnig undir lög um hollustuhætti og mengunarvarnir og heyra þau lög undir umhverfis-, orku- og loftslagsráðherra. Framkvæmd stjórnsýslu hvað þann lagabálk varðar er í höndum Umhverfisstofnunar.
Önnur lög og reglugerðir sem ná yfir starfsemi fiskeldis eru til að mynda reglugerð nr. 540/2020 um fiskeldi, reglugerð nr. 550/2018 um losun frá atvinnurekstri og mengunareftirlit, lög nr. 60/2006 um varnir gegn fisksjúkdómum, lög nr. 66/1998 um dýralækna og heilbrigðisþjónustu við dýr, lög nr. 15/1994 um dýravernd, lög nr. 25/1993 um dýrasjúkdóma og varnir gegn þeim,, reglugerð nr. 1254/2008 um heilbrigðiskröfur vegna lagareldisdýra og afurða þeirra og um forvarnir og varnir gegn tilteknum sjúkdómum í lagardýrum, reglugerð nr. 665/2001 um viðbrögð við smitsjúkdómum og reglugerð nr. 403/1986 um varnir gegn fisksjúkdómum og heilbrigðiseftirlit með fiskeldisstöðvum.